Dados
Faça cópias de segurança regularmente.
Certifique-se que as cópias poderão ser recuperadas numa emergência.
Use mecanismos de verificação de integridade de programas e arquivos. (por exemplo checksum md4/5 ou pdf)
Certifique-se que os sistemas de arquivos tem as permissões corretas.
Não habilite SUID/SGID em scripts (shell ou perl)
Elimine as permissões de gravação nos "devices" dos terminais, "pseudo terminais" principalmente.