O SAFO é um protótipo extremamente dinâmico porque permite diversas alterações e atualizações, conforme a necessidade específica de cada gerente, que pode:
Todas estas facilidades de alteração motivaram a discussão sob o aspecto de segurança do sistema. Havia a preocupação de que uma espécie de "sabotagem" poderia ser feita voluntária ou involuntariamente nos arquivos do sistema. Foram levantadas várias hipóteses de implementação de segurança, como grupo específico de acesso, arquivos secundários (somente com os acréscimos), duplicações de arquivos e outros, mas, todos entravam em choque com um dos princípios básicos do projeto inicial que era de facilitar o máximo o seu uso para operadores experientes ou não e de manter centralizada a base de dados, favorecendo um dos aspectos principais do protótipo que é permir o crescimento do número de informações especializadas a partir dos novos acréscimos feitos no decorrer do uso. Acabou prevalecendo o método root, onde todos podem executar os utilitários mas somente pode alterar seus arquivos quem tiver privilégios de user root, semelhante ao que ocorre com os demais arquivos de configuração do sistema operacional, que só podem ser alterados pelo usuário que tiver tais requisitos. Logo isto não pode ser visto como uma limitação visto que normalmente quem gerencia a rede tem privilégios de user root.